古城遗址位于古印加帝国首都库斯科城南部112公里的高原上，海拔2560米，坐落在安第斯山脉最难通行的老年峰与青年峰之间陡峭而狭窄的山脊上。数百年前，连接马丘比丘与库斯科的，只有群山间一条狭窄的印加古道。而今，当人们乘坐旅游列车到达这里时，感受到强烈的震撼：面前的马丘比丘，似乎随时都可能从狭窄的山脊滑下万丈深渊，而正是在这陡峭的、荒无人烟的山脊上，印加人建起了自己的城市。
    马丘比丘留下的其中一个疑团是，何以印加人要把它建在两个尖削的山脊间，在群山峻岭当中?有人认为，答案就在它背后一座山。细看这座山，会发现它赫然是一张巨大脸孔的侧面，眼鼻口清晰可见；也许印加人是在发现此奇景后，决定让马丘比丘依偎在它身旁。
    马丘比丘南北长700米，东西宽4 O O米，由2 1 6座建筑物的废墟组成。绝佳的地理位置使马丘比丘成了理想的军事要塞，它的位置也因此曾经是军事机密。马丘比丘是个石头城，古城街道狭窄，整齐有序，宫殿、寺院、作坊、堡垒等各具特色。无论农业区、城市区还是太阳庙，每个建筑都由巨石垒砌而成，每块石头都打磨得十分光滑。这些石头中，有的重量不下200吨，其中一块石头有33个角，每个角都跟毗邻的石头上的角紧密结合，石块与石块之间没任何黏合剂，却严丝合缝，甚至连薄薄的刀片都插不进去。
    大约1450年，印加帝国的统治者帕查库特克·印加·尤潘基建造了该城。马丘比丘曾是一座极其繁盛的城市。它虽然地形险峻，却有完善的灌溉系统，城内规划井然，宗教、军事、民居各占一隅，城中处处透出星辰历法的玄机，窗户都指向夏至和冬至的日出方向，这是在没有车船知识时代的建筑奇迹。
    16世纪时，西班牙趁印加帝国内乱之机，侵略了这个统治南美约百个民族的国家，但马丘比丘却因天然的遮蔽而躲过了一次次冲击。但在1532年，西班牙殖民者入侵秘鲁并最终占领了马丘比丘城。不过后来，这里被西班牙人遗弃，彻底荒废了300余年。
    1911年，美国耶鲁大学考古学家宾厄姆在寻找“消失的印加城市"时，偶然发现了完全掩盖在一片厚厚热带树林之下的马丘比丘古城遗址。宾厄姆曾说：  “我所知的世界上，再没有地方能和这儿的景色和吸引力相比……这儿有云雾缭绕的高大雪峰、奔腾咆哮的急流，婀娜多姿的巨大花岗岩壁傲然耸立。"
    此后，随着马丘比丘逐步被外界发现，古城开始向现代社会透射出它曾经辉煌的帝国文明。在1981年，马丘比丘周围3 2,5 9 2公顷土地被列为秘鲁的“历史保护区"。这个地区不仅包括遗迹本身，还包括附近的地貌和动植物群，尤其是当地生产的兰花。
    秘鲁政府宣布2011年为“世界马丘比丘百年年"，以纪念马丘比丘印加古城建筑被发现100周年。秘鲁国会决定承认库斯科为“触到云彩的城市"，还决定从美国耶鲁大学陆续收回在那里发现和开挖的古代文物。秘鲁政府推出了该国最优秀的艺术人物来举办文艺演出，邀请国际人士举行展览和学术讨论会，在印加遗址举行音乐会等一系列纪念活动。
    美国考古学家宾厄姆于l911年以租借为名，从马丘比丘带走4千多件古文物回耶鲁大学。在秘鲁政府长期要求之下，这些文物至今仍然未被归还。为了古文物，秘鲁与耶鲁大学追讨多年，甚至对簿公堂，最后美国奥巴马总统在秘鲁总统亲自游说下，与耶鲁大学进行道德劝说希望让步，终于在2011年耶鲁大学退让，愿意归还第一批、总计366件文物，这些文物于2011年3月30日星期三，运抵秘鲁总统府。